Die Verwendung der Si 204 D erfolgte vorwiegend bei den B- und C-Schulen sowie beim FÜG 1, dort eventuell als Taxiflugzeug für Besatzungen, die Flugzeuge an Kampfeinheiten überführt hatten. Der Einsatz auf den Blindflugschulen lässt sich nur vereinzelt, auf den Luftnachrichtenschulen gar nicht nachweisen. Die Si 204 A wurde häufig bei Verbindungsstaffeln und Flugbereitschaften eingesetzt, aber auch bei Schulen. Im Juni 1944 wurden fünf Si 204 aus der laufenden Serie zum Nachtschlachtumbau abgegeben, denen aber keine weiteren Flugzeuge folgten. Eventuell waren diese Flugzeuge für den Umbau in eine Nullserie E-0 vorgesehen. Es erfolgte aber sicherlich kein Einsatz als Behelfskampfflugzeug in der Nachtschlachtrolle.

Auch die Lufthansa flog mindestens vier Si 204: Die V1 D-AEFR wurde von März bis Mai 1941 bei der DLH Prag erprobt. Vom Frühjahr 1942 bis Frühjahr 1943 wurde die V2 D-ASGU im Liniendienst eingesetzt. Bei Kriegsende blieb eine Si 204 D mit dem Namen „Rhein“ in Tempelhof stehen, eine weitere in Enns in Österreich.